ajax를 사용하는데 있어 innterHTML은 그냥 결과물을 뿌려주는 것이지만, createElement는 구조를 만들어주는 것이어서 동적으로 태그를 생산할 수 있다.
이를 착안하여 createElement를 통해 js파일 생성하는 방법을 활용할 수 있다.

var jScript = document.createElement("script");
jScript.src = "/파일경로/파일명.js";
document.body.appendChild(jScript);

참고로 W3G에서 innerHTML보다 createElement를 추천하고 있다고 한다. 아무래도 보다 활용의 폭이 넓기 때문인것 같다.